Qué saber
- Algunos archivos PDB son archivos de bases de datos de programas.
- Abra uno con un editor de texto o un programa como Geneious.
- Convierta a otro formato con el mismo programa que abre su archivo de base de datos específico.
Este artículo explica qué es un archivo PDB, cómo abrir uno y cómo convertir uno a otro formato.
¿Qué es un archivo PDB?
Un archivo con la extensión de archivo PDB es probablemente un archivo de base de datos de programa que se usa para contener información de depuración sobre un programa o módulo, como un archivo DLL o EXE. A veces se denominan archivos de símbolos.
El archivo asigna varios componentes y declaraciones en el código fuente a su producto compilado final, que el depurador puede usar para encontrar el archivo fuente y la ubicación en el ejecutable en la que debe detener el proceso de depuración.
Algunos archivos PDB pueden tener el formato de archivo Protein Data Bank. Estos son archivos de texto sin formato que almacenan coordenadas relacionadas con estructuras de proteínas.
Otros archivos PDB pueden crearse en formato de archivo Palm Database o PalmDOC y usarse con el sistema operativo móvil PalmOS; algunos archivos en este formato usan la extensión de archivo. PRC en su lugar. Otro formato más que usa esta misma extensión es Tanida Demo Builder.
Cómo abrir un archivo PDB
Diferentes programas usan su propio archivo PDB para almacenar datos en algún tipo de formato de base de datos estructurado, por lo que cada aplicación se usa para abrir su propio tipo.
Geneious, Quicken, Visual Studio y Pegasus son solo algunos ejemplos de programas que pueden usar el archivo como un archivo de base de datos. Radare y PDBparse también podrían funcionar.
Algunos archivos PDB se almacenan como texto sin formato, como los archivos de la base de datos de depuración de programas de Geneious, y son completamente legibles si se abren en un editor de texto. Puede abrir este tipo de archivo PDB con cualquier programa que pueda leer documentos de texto, como el programa Notepad incorporado en Windows. Algunos otros visores y editores compatibles incluyen Notepad++ y Brackets.
Otros archivos PDB no son documentos de texto y solo son útiles cuando se abren con el programa para el que están destinados. Por ejemplo, si el suyo está relacionado de alguna manera con Quicken, intente usar ese software para verlo o editarlo. Visual Studio espera ver un archivo PDB en la misma carpeta que el archivo DLL o EXE.
Puede ver y editar archivos de Protein Data Bank en Windows, Linux y macOS con Avogadro. Estos programas también pueden abrir el archivo: Jmol, RasMol, QuickPDB y USCF Chimera. Dado que se trata de texto sin formato, también puede abrir uno en un editor de texto.
Palm Desktop debería poder abrir este archivo si está en el formato de archivo de base de datos de Palm, pero es posible que primero deba cambiarle el nombre para que tenga la extensión de archivo PRC para que ese programa lo reconozca. Calibre es otra opción.
Para abrir un archivo PalmDOC PDB, pruebe STDU Viewer.
Tanida Demo Builder abre archivos en ese formato.
Cómo convertir un archivo PDB
Es muy probable que los archivos de la base de datos del programa no se puedan convertir a un formato de archivo diferente, al menos no con una herramienta de conversión de archivos normal. En cambio, si hay alguna aplicación que pueda convertir este tipo de archivo, sería el mismo programa que puede abrirlo.
Por ejemplo, si necesita convertir su archivo de base de datos de Quicken, intente usar ese programa para hacerlo. Sin embargo, este tipo de conversión probablemente no solo sea de poca utilidad, sino que tampoco sea compatible con estas aplicaciones de base de datos (es decir, probablemente no necesite convertir este tipo de archivo PDB a ningún otro formato).
Los archivos del banco de datos de proteínas se pueden convertir a otros formatos con MeshLab. Para hacer esto, es posible que primero deba convertirlo a WRL con PyMOL desde el Archivo > Guardar imagen como > VRML , y luego importe el archivo WRL a MeshLab y use el menú File > Export Mesh As para finalmente convertir el archivo PDB a STL u otro formato de archivo.
Si no necesita que el modelo esté en color, puede exportar el archivo directamente a STL con USCF Chimera (el enlace de descarga está arriba). De lo contrario, puede usar el mismo método anterior (con MeshLab) para convertir PDB a WRL con USCF Chimera y luego exportar WRL a STL con MeshLab.
Para convertir PDB a PDF o EPUB, si tiene un archivo PalmDOC, es posible de varias maneras, pero la más fácil probablemente sea usar un convertidor en línea como Zamzar. Puede cargar su archivo en ese sitio web para tener la opción de convertirlo a esos formatos, así como a AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT y otros formatos de archivo de libros electrónicos.
Para convertir uno al formato FASTA se puede hacer con el convertidor de PDB a FASTA en línea de Meiler Lab.
También es posible guardar este archivo en CIF (formato de información cristalográfica) en línea usando PDBx/mmCIF.
¿Sigue sin poder abrirlo?
Los archivos que no se abren con ninguna de las herramientas anteriores, probablemente no sean archivos PDB. Lo que podría estar sucediendo es que está leyendo mal la extensión del archivo; algunos formatos usan un sufijo que se parece mucho a PDB, cuando en realidad no están relacionados y no funcionan igual.
Por ejemplo, un archivo PDF es un archivo de documento, pero la mayoría de los programas anteriores no mostrarán el texto y/o las imágenes correctamente si intenta abrir uno con estos programas de software. Lo mismo ocurre con otros archivos con extensiones de archivo escritas de forma similar, como archivos DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO y WPD.
PBD es otro que pertenece al programa EaseUS Todo Backup y, por lo tanto, solo es útil cuando se abre con ese software.
Si no tiene un archivo PDB, investigue la extensión de archivo que tiene su archivo para que pueda encontrar el programa adecuado que lo abra o lo convierta.
Lectura avanzada en archivos PDB
Puedes leer mucho más sobre archivos de bases de datos de programas en GitHub y Wintellect.
También hay más para aprender sobre los archivos del banco de datos de proteínas; consulte Banco mundial de datos de proteínas y RCSB PDB.
Preguntas frecuentes
- ¿Cómo lo soluciono cuando Visual Studio no puede encontrar o abrir archivos PDB? Si ve un mensaje que indica que Visual Studio no puede encontrar o abrir el archivo PDB, intente utilizando la herramienta de depuración de Visual Studio. Vaya a Herramientas > Opciones > Depuración > Símbolos y seleccione Servidores de símbolos de Microsoft
- ¿Cómo abro un archivo PDB en Android? Para abrir un archivo PDB en Android, use un lector de archivos de terceros. Descargue la aplicación Cool Reader o cualquier otro lector compatible con archivos PDB en Google Play.
